2012年，局機關和直屬單位各級黨組織緊緊圍繞黨組中心任務和直屬機關黨委工作部署，結合自身工作實際，開展了豐富多彩的黨群活動，取得豐碩成果。全年共有83個集體和276名個人在黨群口17個省部級以上獎項中獲得表彰。
    2月16日，中央國家機關婦工委決定（國婦工發〔2012〕6號文件），授予國家中醫藥管理局直屬機關婦女工作委員會“2011年中央國家機關婦女工作創意獎”。
    4月19日，首都精神文明建設委員會決定（精建〔2012〕9號文件），授予中國中醫科學院廣安門醫院“首都文明單位標兵”稱號，授予中國中醫科學院西苑醫院、望京醫院、眼科醫院“首都文明單位”稱號。
    4月26日，中央國家機關工委決定（國工辦發〔2012〕25號文件），授予中國中醫科學院西苑醫院心血管病中心常務副主任、心血管一科主任徐浩同志第二屆“中央國家機關青年五四獎章”。
    4月26日，中央國家機關工會聯合會通報，授予國家中醫藥管理局“當好主力軍、建功十二五、迎接十八大”首屆中央國家機關公文寫作技能大賽優秀組織獎；國家中醫藥管理局法監司查德忠、醫政司邴媛媛、中國中醫科學院廣安門醫院殷海波等3名同志獲大賽三等獎；國家中醫藥管理局黃瑩、直屬單位支英杰等63名同志獲大賽優秀獎。
    5月14日，經復查合格，中央國家機關精神文明建設協調領導小組審定（國機精辦〔2012〕4號文件），中國中醫科學院廣安門醫院繼續享有“中央國家機關文明單位標兵”稱號，國家中醫藥管理局機關服務中心、中國中醫科學院西苑醫院、望京醫院、眼科醫院繼續享有“中央國家機關文明單位”稱號。
    7月，中華全國總工會決定，授予國家中醫藥管理局直屬機關工會2011年度市級“工會財務工作先進單位”稱號。
    8月6日，全國醫藥衛生系統創先爭優活動指導小組決定（衛創先指發〔2012〕4號文件），授予國家中醫藥管理局黨委、國家中醫藥管理局機關服務中心黨支部、中國中醫科學院黨委、中國中醫科學院廣安門醫院黨委、中國中醫藥報社第一黨支部等5個基層黨組織“全國醫藥衛生系統創先爭優活動先進集體”稱號；授予國家中醫藥管理局直屬機關黨委辦公室主任陳夢生、國家中醫藥管理局醫政司司長許志仁、中國中醫科學院中醫臨床基礎醫學研究所所長王永炎、中國中醫科學院廣安門醫院腫瘤科主任林洪生、中國中醫科學院中藥所青蒿素研究中心主任屠呦呦、中國中醫藥出版社社長辦公室主任羅會斌等6名同志“全國醫藥衛生系統創先爭優活動先進個人”稱號；授予國家中醫藥管理局直屬機關黨委常務副書記楊銳、中國中醫科學院黨委書記王志勇2名同志“全國醫藥衛生系統創先爭優活動指導工作先進個人”稱號。
    8月31日，中央國家機關工會聯合會決定，給予國家中醫藥管理局直屬機關工會2011年度財務工作優秀獎。
    9月，中央國家機關婦女工作委員會向國家中醫藥管理局直屬機關婦工委頒發“喜迎盛會巾幗情——中央國家機關女司長訪談活動”優秀組織獎。
    9月29日，國家中醫藥管理局創先爭優活動領導小組決定（國中醫藥創先發〔2012〕4號文件），授予國家中醫藥管理局人事教育司黨支部等50個基層黨組織“國家中醫藥管理局直屬機關創先爭優活動先進基層黨組織”稱號；授予邢超等100名同志“國家中醫藥管理局直屬機關創先爭優活動優秀共產黨員”稱號；授予楊銳等50名同志“國家中醫藥管理局直屬機關創先爭優活動優秀黨務工作者”稱號。
    10月11日，中央國家機關工委辦公室通報（國工辦發〔2012〕47號文件），中央國家機關工委研究室、全國黨建研究會機關專委會、中央國家機關黨建研究會、《紫光閣》雜志社等4部門聯合授予國家中醫藥管理局“機關文化建設：理論與實踐”主題征文活動優秀組織獎；國家中醫藥管理局中國中醫科學院廣安門醫院張麗、戴紅霞、殷海波等3位同志的論文《傳承中醫醫德  弘揚中醫藥文化》獲得優秀獎。
    10月31日，中央國家機關團工委決定（國團工發〔2012〕15號文件），命名中國中醫科學院西苑醫院血液科護理組、中國中醫科學院廣安門醫院腫瘤科十五病區護理組“2011—2012年度中央國家機關青年文明號”稱號。
    11月5日，中國教科文衛體全國委員會決定（教科文衛體工[2012]37號文件），授予國家中醫藥管理局直屬機關婦工委“先進工會女職工組織”稱號；授予中國中醫科學院黨委常務副書記、工會主席仇芙林同志“先進女職工工作者”稱號；授予國家中醫藥管理局直屬機關黨委常務副書記、工會主席楊銳同志“先進女職工之友”稱號。
    12月10日，在中央國家機關第二屆干部職工太極拳交流大賽中，國家中醫藥管理局直屬機關工會獲得集體銅獎。中國中醫科學院廣安門醫院吳皓、王映輝、王斌、危劍安等4名同志獲得5個項目金獎（其中王皓同志獲得2個項目金獎）；中國中醫科學院廣安門醫院王斌、俞良娟、中醫基礎研究所徐世杰、臨床基礎研究所趙靜等4名同志獲得4個項目銀獎；中國中醫科學院廣安門醫院俞良娟、呂衛華、危劍安、西苑醫院范樂、臨床基礎研究所趙靜、科技合作中心吉軍等6名同志獲得6個項目銅獎。
    12月18日，中央國家機關工委辦公室通報（國工辦發〔2012〕67號文件），國家中醫藥管理局直屬機關黨委2011年度黨內統計報表被評為“中央國家機關2011年度全優報表”。
    12月18日，國家中醫藥管理局直屬機關團委決定（國中醫藥機團發〔2012〕13號文件），授予黃橙紫等20名同志2009—2012年度“國家中醫藥管理局直屬機關優秀共青團員”稱號；授予劉燦等11名同志2009—2012年度“國家中醫藥管理局直屬機關優秀共青團干部”稱號；授予中國中醫科學院團委等8個基層團組織2009—2012年度“國家中醫藥管理局直屬機關五四紅旗團委（團支部）”稱號。
    12月20日，北京市公安局給予國家中醫藥管理局維護穩定工作辦公室副主任、局社會管理綜合治理辦公室主任楊銳同志記“個人三等功”。