1月16日，全國維護婦女兒童權益協調組決定（婦維協字〔2006〕1號文件），授予中國中醫科學院望京醫院馬靜同志“全國維護婦女兒童權益貢獻獎”。
    1月27日，國家中醫藥管理局直屬機關黨委決定（國中醫藥機黨組〔2006〕4號），授予國家中醫藥管理局醫政司黨支部等24個黨委（總支、支部）“國家中醫藥管理局直屬機關先進基層黨組織”榮譽稱號；授予閆冰等120名黨員“國家中醫藥管理局直屬機關優秀共產黨員”榮譽稱號；授予嚴建文等24名專兼職黨務干部“國家中醫藥管理局直屬機關優秀黨務工作者”榮譽稱號。
    2月14日，中央國家機關7部門（精神文明、綜合治理、綠化、計劃生育、愛國衛生、交通安全、環境整治）決定（國機精〔2006〕3號文件），授予中國中醫科學院廣安門醫院“中央國家機關文明單位標兵”榮譽稱號，授予中國中醫科學院西苑醫院、望京醫院、眼科醫院“中央國家機關文明單位”榮譽稱號，授予中國中醫科學院西苑醫院王書臣同志“中央國家機關精神文明建設先進工作者”榮譽稱號，授予國家中醫藥管理局陳偉同志“中央國家機關社會治安綜合治理先進工作者”榮譽稱號。此外，國家中醫藥管理局機關服務中心程輝同志獲“首都綠化美化積極分子”榮譽稱號，國家中醫藥管理局獲“北京市人口和計劃生育先進集體”榮譽稱號。
    2月27日，中華全國婦聯決定（婦字〔2006〕7號文件），授予中國中醫科學院廣安門醫院主任醫師林蘭同志“全國三八紅旗手”榮譽稱號，中國中醫科學院西苑醫院呼吸科護理組“全國三八紅旗集體”榮譽稱號。
    3月1日，中央國家機關婦工委決定（國機婦〔2006〕3號文件），授予中國中醫科學院望京醫院工會女職工委員會“中央國家機關先進基層婦女組織”榮譽稱號。
    3月3日，中央國家機關黨工委辦公室通報表揚，2005年國家中醫藥管理局信息被紫光閣網站采用38條，數量名列中央國家機關90多個部門的前10名。
    6月21日，中央國家機關工會聯合會通報表彰（國機工辦發〔2006〕145號文件），國家中醫藥管理局直屬機關工會獲2005年度中央國家機關工會財務工作“優秀獎”。
    6月23日，中央國家機關黨工委決定（國工發〔2006〕16號文件），授予中國中醫科學院廣安門醫院黨委“中央國家機關先進基層黨組織”榮譽稱號，授予中國中醫科學院望京醫院院長陳珞珈同志“中央國家機關優秀共產黨員”榮譽稱號，授予中國中醫科學院眼科醫院黨委書記張菊敏同志“中央國家機關優秀黨務工作者”榮譽稱號。
    7月28日，在中央國家機關工會聯合會東四聯絡片第七屆保齡球比賽中，由張印生、秦樹坤、冉升起、李曉明、唐日晶、吳杰、王建中、劉陽等同志組成的國家中醫藥管理局第一代表隊奪得第四名。
    9月6日，中央國家機關第二屆職工書畫攝影展覽組委會通報，中國中醫科學院廣安門醫院王濤同志的書法作品獲中央國家機關第二屆職工書畫攝影展覽書法部分“三等獎”，中國中醫科學院高合年、趙樹啟、李阿梅、西苑醫院唐旭東、白一清、甄明玉、鄭靖鐵、信息所張桂琴、基礎所李素霞、中國中醫藥報社胡春福、高新軍等同志的作品分別獲書法部分、美術部分和攝影部分的“優秀獎”，國家中醫藥管理局獲中央國家機關第二屆職工書畫攝影展覽“基層活動獎”。
    9月8日，在衛生部、國家中醫藥管理局第五次職工運動會上，中國中醫科學院廣安門醫院、西苑醫院、望京醫院分別奪得團體總分第一、第二名、第八名的優異成績。一大批運動員在許多項目中取得了好成績，共獲得25塊金牌、26塊銀牌和22塊銅牌。
    10月，中央國家機關團工委向中國中醫科學院廣安門醫院音樂舞蹈詩《中醫之光》、中國中醫科學院望京醫院踢踏舞《天使踢踏》頒發“青春·祖國”第二屆中央國家機關青年文化季文藝匯演“優秀獎”。
    11月6日，中央國家機關黨工委組織部、《紫光閣》雜志社通報，在“鞏固先進性教育活動成果，增強基層黨組織活力，創建學習型黨支部”主題征文活動中，中國中醫科學院廣安門醫院藥劑科黨支部書記張靜茹同志的《樹立終身學習理念，努力構建學習型黨支部》獲“優秀獎”，局直屬機關黨委辦公室獲“組織獎”。
    11月8日，中央國家機關黨工委組織部通報，國家中醫藥管理局直屬機關黨委黨內統計報表獲中央國家機關2005年度全優報表。
    12月25日，北京市公安局給予國家中醫藥管理局辦公室綜合處張印生、局機關服務中心關樹華、趙立光同志嘉獎，給予中國中醫科學院行政保衛處記集體三等功。
    12月25日，中央國家機關團工委決定（國團工發〔2006〕11號文件），命名中國中醫科學院廣安門醫院藥劑科調劑室和繼續認定中國中醫科學院廣安門醫院針灸科、西苑醫院藥劑科中草藥調劑組、望京醫院創傷一科護理組為“2005年度中央國家機關青年文明號”。