負責中西醫結合和少數民族醫藥工作的統籌協調。擬訂中西醫結合和少數民族醫醫療機構及醫務人員、醫療技術應用、醫療質量、醫療安全、醫療服務、行風建設等行業管理政策規范、標準并監督實施。擬訂公立中西醫結合醫院和少數民族醫醫院運行監管、績效評價和考核制度。指導綜合醫院、專科醫院等醫療機構的中醫藥業務以及中西醫結合工作。擬訂并組織實施中醫藥疾病預防、保健、養老等規范和標準。承擔深化醫改中醫藥相關工作。